Os métodos de análise fenética se importam apenas com o grau de similaridade entre os caracteres, ou seja, no caso de sequências de DNA, somente importa o quanto são iguais ou diferentes as sequências em cada posição.
 



 

Os métodos de análise cladística se importam com o estado ancestral (O) e derivado (1) de cada caracter. Somente os estados derivados são importantes na análise cladística.
No caso de sequências de DNA, se o nucleotídeo A está presente na posição 134 de um gene, mas uma mutação recente mudou de A para G, então G é o alelo 1 (derivado) e será o único alelo utilizado na análise cladística.

O compartilhamento entre diferentes espécies do alelo 0 não é levado em consideração.


A definição de estados ancestrais (0) e derivados pode ser feita assim:

Sequências do gene DFH

posição            1         2            3  4
Orangutango    AGGACAGAGTGTAGTAGTAAAAGGACCGCGT
Gorila         AGGATAGAGTGTAGTAGTAAAAGGACCGCGC
Chimpanzé      AGGATAGAGTGTAGCAGTAAAAGGACCGCGT
Homem          AGGATAGAGTGTAGCAGTAAAAGGACCACGT

Os estados ancestrais estão em verde e derivados em vermelho. Para esta análise assume-se que a espécie sabidamente separada (orangutango) seja um "outgroup", ou seja, nas várias posições da sequência nucleotídica, provavelmente o outgroup possui quase sempre o estado ancestral. Assim os estados derivados, presentes nas outras espécies são decididos comparando-se com o outgroup.