Habilidades em bioinformática

Utilização das ferramentas desta página:

O Phred utiliza arquivos do tipo "esd processado" gerados pelo sequencidor MegaBACE.
Para organizar o trabalho, crie dentro do diretório PHRED, um diretório "seunome_phred"
Crie em "seunome_phred os seguintes diretórios: chromat_dir e edit_dir.
Normalmente recebe-se um arquivo zipado e ele deve ser copiado para o seu diretório chromat_dir.
Para descompactar o arquivo zipado use:unzip arquivo
O comando básico do Phred pode ser executado de qualquer diretório da maneira como foi instalado (global), mas é mais conveniente rodar dentro de seu edit_dir. Use:
phred -id ../chromat_dir -trim_alt -trim_cutoff 0.16 -st fasta -sa arquivo_saida
[-id] é a indicação do diretório onde os arquivos esd processados descompactados estão
[-trim_alt] aciona o algoritmo que marca as posições de leitura ruim no início e no final das seqüências
[-trim_cutoff] calibra o algoritmo trim_alt com a porcentagem de erro admitida, no caso 16%
[-st fasta] ajusta o formato de saída para o formato fasta, que é default do programa, portanto nem é necessário escrever
[-sa] serve para juntar o resultado de todos os esd processados contidos no diretório indicado por [-id] num único arquivo, ou seja, numa biblioteca de seqüências em formato fasta.
Comandos adicionais, quando se quer gerar os arquivos de qualidade [.qual]: [-q] gera os arquivos de qualidade.
[-qa nome_arquivo] gera um arquivo com todos os resultados de qualidade, à semelhança de [-sa], que junta os resultados fasta em uma biblioteca.
[-trim_fasta] retira do arquivo fasta as bases de baixa qualidade do início e do final da seqüência.
[-trim_out] retira essas bases tanto do arquivo fasta quanto do arquivo de valores de qualidade.