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Utilização do BLAST:
- É sempre necessário formatar a base de dados que se vai utilizar:
[./formatdb -i ecoli.nt -p F e -o T]
- [./] é usado nos terminais tipo [BASH] como o do cygwin. Em outros terminais é desnecessário.
- [-i] é a base de dados que se vai formatar
- [-p F] é usado para nucleotídeos [proteina - False] e [-p T] para proteínas [proteína - True]
- [-o T] é recomendado porque indexa-se as seqüências
- Os "flags" usados no BLAST são:
[./blastall -p blastn -i teste.seq -d ecoli.nt -e 0.0000000001 -o resultado &]
- [-p] indica o programa
- [-i] é o imput
- [-d] é a database
- [-e] é o valor mínimo de E (pode-se usar [-S 110], o valor mínimo de Score)
- [-o] é o nome do arquivo com os resultados
- [&] faz rodar em background, assim você pode sair da conecção e deixar o BLAST rodando
Sequencias de E. coli para formatar biblioteca